El 10 de junio de 2011 y tras cerrar la salida al Getafe de Luis García, el club hizo oficial la contratación del técnico alicantino que ha completado dos temporadas al frente del equipo valenciano, al que condujo la pasada campaña a firmar la mejor clasificación de su historia en Primera, sexto con 55 puntos, y a clasificarse por primera vez para disputar competiciones europeas.
El informe de EFE arranca el 23 de agosto de 2012, cuando Juan Ignacio Martínez se convirtió en el primer entrenador en dirigir un partido continental del Levante, que en su debut europeo se impuso por 0-2 en el campo del Motherwell escocés, en el choque de ida de la eliminatoria de acceso a la Liga Europa.
Aquel fue uno de los 98 encuentros oficiales en los que ha estado al frente del equipo valenciano, entre la Liga, la Copa del Rey y la Liga Europa, con un balance general de 38 victorias, 20 empates y 40 derrotas. En la Liga, además de ser el entrenador de la que hasta ahora es la mejor campaña en Primera del club, Martínez se ha convertido en la gran referencia en el banquillo del club valenciano en la máxima categoría.
Juan Ignacio Martínez se va del club como el entrenador que más choques le ha dirigido, pues sus 76 doblan los 38 de Luis García; como el técnico que más encuentros ha ganado, ya que sus 28 son más del doble de los 12 que consiguió el madrileño; y como el entrenador que más puntos ha acumulado.
De hecho, los 101 puntos que ha sumado gracias a esos 28 triunfos y a los 17 empates que acumuló, son más de los que suman los dos entrenadores que le siguen en esa clasificación, Luis García con 45 y Bernd Schuster con 35.
En la Liga Europa, el equipo superó bajo su dirección la eliminatoria de clasificación ante el Motherwell, pasó la primera fase, eliminó al Olympiacos griego y cayó en dieciseisavos de final ante el poderoso Unics Kazan. En total, 12 encuentros divididos en siete triunfos, tres empates y dos tropiezos.
Sus peores resultados al frente del equipo valenciano llegaron en ambas campañas en la Copa del Rey, con un balance de siete derrotas y tres victorias en diez encuentros. Aún así, superó tres eliminatorias y cayó en otras dos, alcanzado los cuartos de final en la pasada campaña y los octavos en esta temporada.