El piloto de la escuadra Repsol culminó así una excelente proyección de entrenamientos al quedarse en el límite de la barrera de los dos minutos, con un tiempo de 2:00.011, el mejor de todo el fin de semana y nuevo récord de vuelta más rápida al trazado malayo.
Su compañero de equipo, Dani Pedrosa, que había sido el dominador de todas las tandas libres no pudo mejorar esa clasificación y acabó relegado a la quinta posición.
El alemán Stefan Bradl (Honda RC 213 V) fue la primera baja en los entrenamientos oficiales de MotoGP al sufrir una caída durante los últimos libres en la que se produjo una fractura del tobillo derecho y, consecuentemente, será baja segura para la próxima cita del campeonato, el Gran Premio de Australia y más que probable para la siguiente, en Japón dentro de dos semanas.
Aunque no deja de ser nada más que un rumor y no existe la obligatoriedad por reglamento de suplir la ausencia de un piloto en el equipo a partir de la segunda carrera, bien podría producirse la presencia del australiano Casey Stoner en Phillip Island para cubrir la baja del piloto alemán en su condición de piloto probador de Honda.
En el mismo entrenamiento en que se lesionó Bradl, el líder del mundial Marx Márquez continuó con su progresión tras los problemas iniciales de puesta a punto y una vez más consiguió bajar su tiempo hasta situarlo en 2:00.803, con muy buenas perspectivas para la segunda clasificación.
Antes de ésta el italiano Andrea Iannone (Ducati Desmosedici) y el español Aleix Espargaró (ART) se ganaron en la primera clasificación su derecho a estar en la misma, aunque en los últimos minutos de los mismos la lluvia interrumpiese sus planes.
Esa lluvia fue la que perjudicó los primeros minutos de la segunda clasificación, pues aunque no llovió con demasiada intensidad si que algunas zonas de la pista se quedaron mojadas.
El británico Cal Cruthlow (Yamaha YZR M 1) fue el primer dominador de la segunda clasificación, marcada por el estado del asfalto, lo que por una razón un otra dejó a Jorge Lorenzo sin un tiempo entre los mejores al principio y obligado a no fallar en los minutos finales, en los que Pedrosa era segundo, tras el inglés y por delante de Valentino Rossi y Marc Márquez.
Con menos de seis minutos de entrenamiento Jorge Lorenzo salió a la pista con el neumático trasero nuevo y tras la vuelta de lanzamiento no falló en su primer intento, en el que marcó un 2:00.792 que ya era su mejor registro de todo el fin de semana, pero tras él prácticamente todos los pilotos buscaban su vuelta rápida.
Crutchlow volvió a arañar unas décimas a su registro pero sólo para mantenerse segundo, en detrimento de Valentino Rossi, a poco más de dos décimas del piloto de Yamaha.
Tras ambos quien rodaba a un ritmo impresionante era Marc Márquez, que en el segundo parcial ya estaba medio segundo por debajo del de Jorge Lorenzo y en el tercero la ventaja era de seis décimas y aunque Rossi se puso primero al parar su mejor tiempo en 2:00.336, fue el piloto de Repsol y líder del mundial quien acabó haciéndose con la mejor posición para la formación de salida.
Instalado Márquez en una cómoda primera posición, a escasamente tres décimas de segundo se clasificó un satisfecho Valentino Rossi, que relegó a la tercera posición a Cal Crutchlow y a Jorge Lorenzo a la cuarta, en tanto que Dani Pedrosa, dominador de casi todas las tandas de pruebas libres se vio relegado a la quinta plaza.
Aleix Espargaró, el único piloto CRT (Claiming Rules Team) en la segunda clasificación tras ganarse su derecho en la primera, acabó en una más que meritoria novena plaza.