El 10 de marzo de 1706, el galeón San José partió junto al San Joaquín destino a Cartagena de Indias. Debido al peligro por la presencia de buques ingleses, el rey Felipe V ordenó que se brindara una fuerte protección a estos galeones. Una vez llegan a Cartagena, se dirigieron a Portobelo para recoger oro, plata y otros objetos valiosos, o al menos eso es lo que tenían pensado ya que tienen que esperar dos años para conseguir salir de Cartagena.
Una vez habían recogido los objetos de valor, el oro y la plata, se debatían entre si volver o no, ya que no era seguro debido a las naves inglesas que merodeaban la zona. Aunque, finalmente, consideraron estar lo suficientemente blindados como para volver. Conscientes del riesgo, el capitán Fernández zarpó hacia Cartagena acompañado por 16 barcos, entre los que se encontraban las naves San Joaquín y Santa Cruz.
Al enterarse de estos movimientos el capitán inglés Charles Wager, decidió mover su armada a la ruta por la que San José debía pasar. De esta manera, la emboscada tuvo lugar muy cerca de las Islas del Rosario. El navío Kingston abrió fuego contra el San Joaquín, mientras que el Expedition arremetió contra el San José. Toda esta operación tenía como objetivo principal hacerse con el preciado cargamento, aunque, finalmente, el navío terminó sufriendo una explosión que hizo que se hundiera. Además, de los 600 tripulantes solo 11 quedaron sin vida. El hundimiento fue en el mar de la península de Barú (actual mar de Colombia).
El 27 de noviembre de 2015, el galeón fue encontrado por investigadores del Instituto Colombiano de Antropología e Historia (ICANH), personal de la Armada colombiana y de Dirección Marítima Colombiana (DIMAR). Este hallazgo fue anunciado por el presidente colombiano, Juan Manuel Santos. Además, hay planes para un futuro próximo de crear un museo en Cartagena dedicado a este hallazgo e historia.