La cobertura de vacunación recomendada por el Ministerio de Sanidad frente al papilomavirus solo ha sido cumplida por la mitad de las CCAA. La valenciana se sitúa por debajo de la media con un 74,9%. El Programa de Vacunación elaborado en el 2012 establece la necesidad de que todas las CCAA desarrollen estrategias para conseguir una cuota de vacunación superior al 80 por ciento en la población diana. Sin embargo, tras nueve años desde su implantación aún hay comunidades como, Andalucía y Madrid, que no llegan al 60% de cuota cumplida. La Ciudad Autónoma de Ceuta es la que ha cumplido una cobertura mayor con un 95,9%.
Por debajo de la media recomendada por los expertos se encuentran: Melilla (77%), Valencian (74,9%), Cantabria (74,6%), Galicia (74,4%), Baleares (71,9%), Asturias (70,9%), Castilla-La Mancha (69,8%), Andalucía (56,2%) y Madrid (53,8%).
Esta vacuna se administra rutinariamente y de forma gratuita para la población objeto (niñas entre 11-14 años) con una pauta establecida dependiendo de la vacuna elegida y contribuye a la disminución en el número de personas infectadas.